黑魔帮被次郎（计算机奇侠）毁灭后三年，已死的计算机黑魔竟率领黑魔部队开始征服世界。他们为了实现野心而追捕少年阿明(アキラ)，因他手中掌握着某些秘密。此时被封印在仁王像中的计算机奇侠01，感觉邪恶活动的回路开始启动。最后他由仁王像中爆裂而出，为世界的正义而战。

因为光明寺博士所制造的机械人都被邪恶的基路博士用来作奸犯科，所以他秘密制造了一个人造人，希望可以破坏基路博士的阴谋。但在完成前被基路博士发现，研究所爆炸，光明寺博士亦失踪。后来光明寺博士的一对儿女被基路博士的机械人袭击，此时有一个名为次郎的人出现，他变成计算机奇侠救了她们。